Фамилия Малёнкин — типичный пример русской «семейной» модели, где суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Малёнкин», то есть сын, потомок или человек из семьи Малёнки. Основа здесь — прозвище Малёнка, а оно, в свою очередь, почти наверняка связано с прилагательным «малый». Так в старину называли младшего в семье, подростка или просто невысокого, щуплого человека. Прозвище Малой, Малюта, Малёнка было распространено повсеместно, поэтому фамилии Малов, Малых, Малёнкин встречаются часто, но каждая имеет свою историю.

Менее очевидная, но любопытная версия отсылает к слову «мала» — так называли сельскохозяйственное орудие для выравнивания почвы, особенно на орошаемых землях. Если предок носил прозвище по этому инструменту, то фамилия указывает не на внешность, а на род занятий: крестьянин-земледелец, работающий с «малой». Эта гипотеза менее популярна, но имеет право на существование, так как прозвища по орудиям труда (Топор, Лопата, Цеп) в русской среде не редкость.

Совсем редкая версия выводит основу из мужского имени Мал, которое восходит к латинскому malus — «злой». Однако в русской ономастике это имя практически не встречается, и такая трактовка выглядит натянутой. Гораздо правдоподобнее, что Малёнкин — это фамилия, родившаяся в крестьянской или посадской среде, где прозвище давали по росту, возрасту или характеру, а не по редкому заимствованному имени.

По суффиксу и модели образования фамилия Малёнкин — типично русская, северного и центрального типа (на -ин, а не на -ов). Она не имеет дворянского или книжного происхождения и, скорее всего, возникла в среде, где прозвища были обиходными и передавались по наследству в упрощённой форме.