Фамилия Маленков — это отчество второго порядка, то есть «внучество». Строится она по цепочке: в основе лежит старинное мирское имя Маленя (уменьшительное от «малый»), от него образовали отчество Маленко («сын Малени»), а уже от него — фамилию Маленков, то есть «сын Маленко» или «внук Малени». Такой тип образования (суффикс -ов, присоединённый к отчеству на -ко) характерен для украинских, белорусских и южнорусских земель: там, где была распространена уменьшительная форма имени на -ко, позже к ней наращивали великорусский патронимический суффикс.

Имя Маленя — не календарное, а мирское, внутрисемейное. В крестьянской среде ребёнка нередко называли по росту или возрасту: Малой, Малец, Малюта. Маленя — один из вариантов такого прозвища. Его давали либо младшему сыну, либо ребёнку, родившемуся хилым и маленьким. Со временем прозвище закрепилось как личное имя и перешло в фамилию.

Фамилия Маленков встречается в разных регионах, но особенно часто — в бывших южнорусских губерниях (Курская, Орловская, Тульская) и на Украине. Это косвенно подтверждает модель на -ко: в северных и центральных областях России от имени Маленя скорее образовали бы фамилию Маленин.

О точном времени возникновения говорить сложно: массовое закрепление фамилий у крестьян завершилось лишь к концу XIX века. Однако сам тип отчества на -ко известен с XV–XVI веков, так что корни фамилии могут уходить в позднее Средневековье.