Фамилия Маленина образована от имени или прозвища, а точнее — от его краткой формы. В её основе лежит слово «малый» или «маленький», но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательное имя Малена, Маля, Маленька. В старину так могли назвать младшего ребёнка в семье, невысокого ростом человека или просто того, кого ласково называли «малыш». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маленина буквально означает «дочь (или жена) Малени». Мужской вариант — Маленин.

С точки зрения словообразования это типичная «посессивная» фамилия, распространённая в северных и центральных русских говорах. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов (Малый, Малов), форма на -ин часто возникала от имён, оканчивающихся на -а/-я. Имя Малена — некалендарное, мирское; оно зафиксировано в писцовых книгах XVI–XVII веков. Например, в переписях Новгородской земли встречаются крестьяне с прозвищем Маленка, от которого и пошла фамилия.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с ремеслом. В некоторых говорах «маленик» называли небольшой молот или инструмент для мелких работ. Однако для образования фамилии от названия предмета чаще использовался суффикс -ов (Малеников), а не -ин. Поэтому прозвищное происхождение от личного имени остаётся основным.

Географически фамилия Маленина тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям — регионам, где хорошо сохранилась «окающая» речь и старые уменьшительные формы имён. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Носительницы фамилии — потомки крестьян или посадских людей, которые получили фамилию по имени или прозвищу родоначальника, жившего не позже XVII века.