Фамилия Малёнов — это типичная «патронимическая» фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ов». В основе лежит прозвище Малёный. Чаще всего его давали самому младшему в семье или невысокому, худощавому человеку: в русских говорах «малёный» — то же, что «малой», «маленький». Так могли называть подростка, который ещё не вошёл в полную силу, или мужчину невысокого роста.

Вторая версия отсылает к слову «мала» — сельскохозяйственному орудию для выравнивания почвы на орошаемых землях. Если принять эту гипотезу, прозвище Малёный получал крестьянин, работавший с таким инструментом, и фамилия указывала бы на род занятий предка. Впрочем, эта версия уступает первой по распространённости: прозвища от названий орудий труда встречаются реже, чем от физических качеств.

Менее убедительна версия о связи с латинским именем Мал (Malus — «злой»). Такое имя в русской традиции не было распространено, и маловероятно, что оно легло в основу фамилии. Скорее всего, перед нами именно прозвищная фамилия, в которой суффикс -ов закрепил принадлежность к роду Малёных.