Фамилия Маленца — редкий случай, когда корень слова почти полностью совпадает с основой фамилии, а суффиксальный аппарат подсказывает её географическое происхождение. В отличие от массовых русских фамилий на -ов, -ев или -ин, форма Маленца тяготеет к западно- и южнославянским моделям, а также к украинской и белорусской традиции именования.

Основа здесь — прилагательное «малый» в значении «небольшой, низкорослый, младший». В восточнославянских говорах от него образовали уменьшительно-ласкательную форму «маленец» — так называли младшего сына, подростка или просто человека невысокого роста. Фамилия закрепилась через характерный для польского, украинского и белорусского языков суффикс -ец, который в именительном падеже даёт форму Маленец, а в русской передаче через акающее произношение превратился в Маленца. На письме фамилия могла сохранить исходный вариант Маленец или адаптироваться под русскую грамматику, где окончание -а указывает на родительный падеж: «чей? — Маленца». Такая модель типична для фамилий, которые в документах записывали как «Иван Маленец», а в быту или при переписи фиксировали в форме родительного падежа.

Возможна и другая, менее вероятная версия: связь с польским словом maleniec (устар. «молитвенный дом, часовня»). Тогда прозвище мог получить человек, живший при часовне или обслуживавший её. Но эта гипотеза слабая — слово узкотерриториальное и почти не встречается в антропонимии. Гораздо правдоподобнее, что предки носителя фамилии были либо младшими в роду, либо людьми невысокого роста, и прозвище закрепилось за потомками на территории современных Западной Украины, Беларуси или юга России.

С точки зрения словообразования, фамилия Маленца стоит в одном ряду с однокоренными Маленко, Маленков, Маленкин, но отличается именно суффиксом -ец, который придаёт ей оттенок индивидуальной характеристики, а не принадлежности к роду (как -ов) или уменьшительности (как -к-). В русских говорах форма на -ца встречается реже, что делает фамилию заметной на фоне более типичных Маленцев или Маленцов.