Фамилия Малесиков — редкий случай, когда исходное прозвище почти наверняка связано не с профессией или характером, а с уменьшительно-ласкательной формой имени. В её основе лежит имя Малесик, которое в свою очередь является производным от канонического имени Малахия (древнееврейское «посланник Бога») или от крестильного имени Мал. В народной среде такие имена часто укорачивали и «обрусевали»: Малаха, Маля, Малесь, Малесик. Суффикс -ик в данном случае — не уменьшительный в современном смысле, а скорее фамильярный, бытовой: так в разговоре могли называть мальчика или невысокого мужчину, отсюда и прозвище.

Сам способ образования фамилии — через суффикс -ов — говорит о том, что Малесиковы — это потомки человека по прозвищу Малесик. Типичная патронимическая модель: «чей?» — «Малесиков сын», а затем и вся семья. Фамилия не дворянская и не купеческая: такие формы на -иков встречаются в основном в крестьянской и мещанской среде центральной России, особенно в областях, где были распространены «окающие» говоры (Владимирская, Костромская, Нижегородская губернии). Встречается она редко, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних уездов.

Стоит обратить внимание на чередование в корне. Если бы фамилия писалась через «о» — Молесиков, её можно было бы связать со словом «молись» (от «молиться»), но написание с «а» твёрдо указывает на имя Малахия или Мал. В некоторых говорах «а» и «о» в безударном положении могли путать, но в данном случае ударение падает на второй слог (Мале́сиков), поэтому исходная форма именно с «а» — Малесик.

Однокоренных фамилий немного: Малесин, Малесов, Малесиков — все они редки и не образуют гнезда, как, например, Ивановы или Кузнецовы. Это дополнительный признак того, что фамилия возникла в локальной, возможно, даже однодворческой среде, где прозвище закрепилось за одной семьёй и не распространилось широко географически.