Фамилия Мальготин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от имени, а на происхождение от прозвища, связанного с внешностью или характером. Основа здесь — «мальгота», слово, которое в русских говорах имело два основных значения: либо «малорослый, невысокий человек» (от «малый» с экспрессивным суффиксом -гот-), либо «вялый, медлительный, неповоротливый». Второе значение зафиксировано, например, в архангельских и вологодских говорах, где «мальгота» — синоним мямли или рохли. Таким образом, Мальготин — это «сын или потомок Мальготы», то есть человека, которого прозвали за низкий рост или флегматичный нрав.

Суффикс -ин в этой фамилии — классический притяжательный, как в Дружинин или Пушкин. Но в отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от мирских имён на -о (Малько → Мальков), форма Мальготин говорит о том, что прозвище оканчивалось на -а: Мальгота. Это характерно для северных и северо-западных регионов России, где такие прозвища были распространены. Встречается фамилия сейчас в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает диалектную привязку.

Интересно, что фамилия Мальготин могла возникнуть и независимо в нескольких местах — как прозвище, данное разным людям по одному признаку. В некоторых случаях её путают с Малготиным (от тюркского «мал» — скот), но это разные корни: русская «мальгота» не имеет отношения к животноводству. Встречается и вариант Мальготкин, но это уже другая словообразовательная модель — с суффиксом -к-.

В дореволюционных источниках фамилия не была дворянской: Мальготины — это крестьяне и мещане, чаще всего из северных уездов. В переписных книгах XVII–XVIII веков следов фамилии почти нет, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии у бывших государственных крестьян. Так что предки современного Мальготина, вероятно, жили на севере, занимались земледелием или лесными промыслами, а своё прозвище получили за невысокий рост или спокойный нрав.