Фамилия Маликли — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она характерна для Азербайджана и северо-западного Ирана (регион Иранский Азербайджан). Основа фамилии — тюркское «малик» (от арабского malik — «владелец», «господин», «царь»). Суффикс -ли (-лы) в тюркских языках указывает на принадлежность к чему-либо или обладание чем-либо. Таким образом, Маликли буквально означает «принадлежащий малику» или «из рода малика».

Скорее всего, фамилия образована не от личного имени, а от социального статуса. Малик в мусульманском мире — не только титул правителя, но и обозначение крупного землевладельца или старейшины племени. Поэтому предок носителя фамилии мог быть либо потомком такого человека («из маликов»), либо жителем села или квартала, который назывался Маликли — то есть «место, где живет малик». В Закавказье и на Ближнем Востоке такие топонимические фамилии, образованные от названия села или района, встречаются сплошь и рядом.

В русском контексте фамилия Маликли — почти наверняка поздняя, советского времени. Она не вписывается в классическую восточнославянскую модель с суффиксами -ов/-ев или -ин. В паспортах и метриках такая фамилия появилась у азербайджанцев, талышей и других народов региона в 1920–1930-е годы, когда проводилась массовая паспортизация и фиксация фамилий по национальной традиции. Если у вас русские корни — это исключительная редкость, и фамилия, вероятно, была принесена в браке или через миграцию.

Другие версии (например, от греческого «малакия» или славянского прозвища) выглядят натянутыми: ни фонетика, ни география бытования их не подтверждают. Единственный реальный вариант — тюркская аристократическая или топонимическая основа.