Фамилия Малнацкий — редкая, и её происхождение неочевидно. Разберём словообразовательную модель. Суффикс -цк- (в форме -цкий) указывает на польское или западнорусское (белорусское, украинское) происхождение. Такие фамилии часто образовывались от названий местностей: села, местечка или урочища. Основа «Мална-» не имеет прямого аналога в современных славянских языках, но её можно связать с несколькими корнями.

Наиболее правдоподобная версия — связь с литовским или балтским корнем *malna- (ср. лит. malna — «мучная», «мельничная»). В Великом княжестве Литовском, земли которого охватывали современные Беларусь, Литву и часть Украины, было распространено множество топонимов с такой основой: например, село Мальна или Мална (встречается в исторических документах). От названия такого поселения жителя называли «малнацким» — то есть «выходец из Малны». Фамилия могла закрепиться за переселенцем, который переехал в другой регион и получил прозвище по месту прежнего жительства.

Альтернативная, менее вероятная версия — от прозвища «Мална» (или «Малнац»), которое могло быть связано с диалектным словом «мална» — в некоторых говорах так называли мелкую рыбу, малька. В таком случае прозвище мог получить человек невысокого роста или занимавшийся ловлей мелкой рыбы. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -цкий почти всегда привязан к географии, а не к личным качествам.

Фамилия Малнацкий встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси и восточной Польши. Встречается она и в России, но крайне редко, что подтверждает её локальное происхождение. Сословной принадлежности по фамилии определить нельзя — такую модель носили и крестьяне, и шляхта, если она происходила из мелкопоместных дворян, владевших одноимённым хутором или деревенькой. Спорных версий, как видите, немного: корень прозрачен, а суффикс сужает круг поиска.