Фамилия Маловацкий образована от прозвища Мал. Такие прозвища — Малюта, Малюк, Малец, Малек — были широко распространены у восточных славян в XI–XVI веках, причём не только среди крестьян, но и в других сословиях. В «Ономастиконе» историка С. Веселовского упомянут Борис Васильевич Малой (конец XV века, Новгород), а в Писцовых книгах Новгородских пятин записан курмышский крестьянин Малой (1627 год). Прозвище Мал, сначала добавленное к наследственному имени, со временем полностью вытеснило его и в быту, и в документах.

Главная особенность фамилии — суффикс -цк- (в форме -ацк-). Он указывает на то, что фамилия сформировалась по географической или топонимической модели: так обычно называли выходца из места, название которого связано с корнем Мал-. Скорее всего, Маловацкий — это человек из села или местечка вроде Малова, Малой, Малёвка. В отличие от простых патронимов на -ов (Маловатов), форма на -цкий типична для шляхты и духовенства, но на восточнославянских землях она могла закрепиться и у крестьян, особенно на западе и юго-западе — в Беларуси, на Украине, в Смоленщине.

Встречается и более редкая версия: что основа не прозвище Мал, а слово «маловацкий» как вариант прилагательного «маловатый» (чуть меньше среднего). Тогда фамилия могла закрепиться за человеком невысокого роста или младшим в семье. Но правдоподобнее первая версия — через прозвище и топоним, потому что суффикс -цк- в фамилиях редко прирастает прямо к прозвищу без промежуточного географического названия.

Сейчас фамилия Маловацкий встречается нечасто. Основные носители живут в Беларуси и на западе России, что подтверждает её западное происхождение. В дореволюционных источниках она фигурирует в ревизских сказках Могилёвской и Витебской губерний.