Фамилия Малынский образована по самой распространённой в славянском мире модели — от географического названия с помощью суффикса -ский. Исходный пункт здесь — топоним Малын, Малынь или Малына. Таких названий на карте Восточной Европы несколько: село Малын (или Малынь) есть в Смоленской области России, деревня Малына — в Беларуси, а город Малин стоит в Житомирской области Украины. Важно не путать: украинский Малин пишется через «и», но в народном произношении и старых документах граница между «ы» и «и» была зыбкой, поэтому фамилия Малынский вполне могла закрепиться за выходцем именно оттуда.

Основа «малын» или «малына» скорее всего связана с древним славянским словом «малый» — то есть маленький, небольшой. Название поселения могли дать по его размеру: Малын — «малое селение». В белорусских и украинских говорах «малына» — это ещё и малина, но связь с ягодой для названия села менее вероятна: топонимы редко образуются от названий кустарников напрямую, чаще от личных имён или признаков места.

Суффикс -ский в таких фамилиях указывал на дворянское или шляхетское происхождение в Польше и Великом княжестве Литовском, а затем и в Российской империи. В XVII–XIX веках фамилии на -ский носили помещики, владевшие селом, или их потомки. Однако со временем эту модель перенимали и крестьяне, и духовенство, так что Малынский мог быть как мелким шляхтичем, так и выходцем из крестьян, получившим фамилию по месту рождения при переписи.

В русской среде фамилия встречается редко, чаще — у белорусов и украинцев. Вариант написания с «ы» (Малынский) характерен для восточнославянских земель, где сохранялся звук «ы», в отличие от польской формы Malinski. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка происходил из региона между Смоленщиной, Витебщиной и северной Украиной — зоны активного смешения русского, белорусского и украинского населения.