Фамилия Маловатая — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве родового имени. В русской традиции фамилии на -ая/-яя типичны для южных и западных регионов, особенно для украинского и белорусского пограничья, а также для донского казачества. Если бы фамилия звучала как Маловатов, она бы однозначно указывала на мужского предка, но окончание -ая выдает, что перед нами прилагательное, которое могло стать фамилией напрямую, без патронимического суффикса.

Основа фамилии — прилагательное «маловатый», то есть «несколько малый, недостаточно большой, недорослый». В старину это слово употребляли не только о росте, но и о возрасте, силе, достатке. Прозвище Маловатый мог получить человек невысокого роста, младший сын в семье (в отличие от Большака) или даже тот, кто казался окружающим «мелковатым» по положению. В говорах слово могло иметь ироничный оттенок: «маловат да удал» — так говорили о невысоком, но бойком человеке.

Словообразовательная модель здесь простая: корень мал-, суффикс -оват- со значением неполноты качества, окончание -ая. По сути, фамилия — это субстантивированное прилагательное, которое отвечало на вопрос «чей?» или «какой?»: «Маловатая семья» — то есть семья, главой которой был Маловатый. Со временем окончание перестало меняться по родам, и фамилия застыла в форме женского рода, хотя носителями могут быть и мужчины. Встречаются также варианты Маловатый и Маловатов — последний уже с типичным русским суффиксом -ов.

По данным современных исследований, фамилия Маловатая встречается в основном в южнорусских областях — Ростовской, Волгоградской, а также на Украине. В дореволюционных переписях носители чаще всего были крестьянами или казаками. Среди дворянских родов такая фамилия не зафиксирована — это говорит о ее народном, прозвищном происхождении.

Споров вокруг этимологии нет: корень прозрачный, а суффикс -оват- однозначно указывает на качественное прилагательное. Единственная тонкость — почему именно женская форма стала родовой. Вероятно, в момент фиксации фамилии в документах (например, в ревизских сказках) запись шла по матери или вдове, либо в местной традиции все члены семьи именовались по прозвищу главы в неизменной форме.