Фамилия Маловатый образована от прозвища или мирского имени, которое на прямую указывало на внешность или положение в семье. Основа здесь — прилагательное «маловатый», то есть «несколько малый», чуть меньше обычного. В старину такое слово могло стать прозвищем для невысокого, миниатюрного человека. Есть и другая версия: Маловатым называли младшего ребенка в семье, того, кто был «мал» по возрасту среди братьев и сестер. В этом случае прозвище работало как семейный идентификатор, а не просто описание внешности.

С точки зрения словообразования, фамилия следует модели на -оватый, что встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. Суффикс -оват- в русских прозвищах обозначал неполноту признака: не просто «малый», а «слегка маловатый». Такая форма могла закрепиться за человеком, который был чуть ниже ростом или моложе, но не настолько, чтобы его называли просто «Малой» или «Малыш». Фамилии на -оватый — редкая группа, и Маловатый стоит в одном ряду с такими же образованиями, как Толстоватый, Горбатоватый или Худоватый.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России, где диалекты активнее сохраняли формы прилагательных с этим суффиксом. В письменных источниках фамилия встречается с XVII–XVIII веков, в основном в среде крестьян и посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия простонародная, возникшая в среде, где прозвища давали по живому, бытовому признаку.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Маловатый — не единственная в этом гнезде. Есть Малых, Малов, Мальцов, Малюткин — все они от одного корня, но суффиксы различают социальный или региональный контекст. Маловатый же выделяется именно оттенком «чуть-чуть», что делает прозвище более точным и менее категоричным, чем, скажем, «Малой».