Фамилия Мальских относится к характерному для русского Севера, Сибири и некоторых центральных областей типу фамилий на -их/-ых. Такие фамилии появляются в документах с середины XVI века и по смыслу отвечают на вопрос «чьи вы будете?» — то есть «из дома Мальских», «дети и потомки того, кого звали Мальский». Эта модель образования фамилии указывает на родственную принадлежность, а не на индивидуальное прозвище одного человека.

Сложность фамилии в том, что её основа — Мальск- — допускает несколько объяснений, и все они по-своему правдоподобны.

Самая прямая версия — географическая. Прозвище Мальский могли дать человеку, который пришёл из села или деревни с названием вроде Малы, Мальцы или Мальск. Такие топонимы есть в Псковской области (селение Малы) и в Полтавской области (Мальць). В этом случае фамилия указывает на конкретное место, откуда родом предок, и связывает носителя с определённым регионом.

Не менее вероятна версия, уходящая корнями в древнерусские нецерковные имена. Имена от корня мал- (Мал, Малец, Малюта, Малыш) были широко распространены в старину. Их давали младшим детям в семье — как описание роста или возраста. Имя Маль могло быть сокращённой или диалектной формой такого имени. Тогда фамилия Мальских означает «потомки того, кого звали Маль».

Важно, что обе версии не противоречат друг другу: прозвище Мальский могло возникнуть и от имени Маль, и от названия села — а фамилия окончательно закрепилась в форме родительного падежа множественного числа, типичной для северорусской традиции. Спор между версиями решается только в том случае, если удаётся найти конкретное село Мальск или Мальское, откуда пошли носители фамилии, — но пока таких данных в открытых источниках нет.

Фамилия редкая, сосредоточена в основном в центральных и северных областях России. Поскольку суффикс -их/-ых не склоняется по падежам (мы говорим «у Мальских», «с Мальских»), фамилия сохранила свою архаичную форму, что само по себе указывает на её давнее происхождение и устойчивость семейного прозвания.