Фамилия Малыковцев — один из тех случаев, когда суффикс сразу выдаёт способ образования. Модель на -ев с дополнительным -ц- характерна для фамилий, которые произошли от притяжательного прилагательного с суффиксом -ов-, а затем к нему добавили -ец. Это типично для жителей определённой местности: скажем, «Малыков» — сын или человек из рода Малыка, а «Малыковец» — выходец из села или семьи Малыковых. Иначе говоря, Малыковцев — это «тот, кто из Малыковых» или «житель Малыкова».

Корень здесь — мал-, от слова «малый». Прозвище Малый или Малык давали невысокому человеку, младшему сыну, либо ребёнку, который родился слабым и маленьким. На Руси такие прозвища были едва ли не самыми ходовыми, поэтому однокоренных фамилий масса: Малышев, Мальков, Малыхин, Малютин. Но Малыковцев стоит особняком — за счёт редкого тройного суффикса он звучит архаично и привязан к конкретному географическому гнезду.

По данным переписей и архивов, фамилия Малыковцев почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. Наиболее плотно она осела в бывших владимирских и костромских землях. Там и сейчас можно найти деревни с названием Малыково — их в России не один десяток. Вероятно, предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками, которые получили фамилию по месту жительства или по отцу, записанному в документах как «Малыков сын». В дворянские роды эта фамилия не попала — в родословных книгах её нет, что тоже говорит о крестьянском или посадском происхождении.

Интересная деталь: в некоторых говорах «малык» означало не только маленького человека, но и короткую одежду, а на Севере — небольшой залив или заводь. Но для фамилии Малыковцев эта версия маловероятна: прозвище по размеру — самый прямой и частый путь. Споров среди ономастов нет: основа прозрачная, модель образования ясна. Если искать родственную фамилию по схеме, то ближайший аналог — Малыков, а Малыковцев — её более развёрнутая и редкая форма.