Фамилия Малюютины — редкий случай, когда написание не совпадает с привычным слуху вариантом. На слух она звучит как «Малютины», и именно так её чаще всего записывали в документах. Двойное «ю» — следствие либо диалектного произношения, либо поздней канцелярской фиксации: в говорах, где якали и путали гласные, форму «Малюютин» могли записать как попытку передать растянутое «у». Поэтому первое, что нужно знать: исторически это та же фамилия, что и Малютины.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Малюта. Это уменьшительная форма от «малый» — «маленький, невысокий, младший». В Древней Руси так называли младшего сына в семье или невысокого ростом человека. Суффикс -ут- (как в словах «толстута», «горбута») придавал прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения, в зависимости от контекста. Самый известный носитель этого имени — опричник Ивана Грозного Малюта Скуратов, но его фамилия была Скуратов, а имя Малюта — именно прозвище-имя, а не фамилия. Для крестьян и посадских людей Малюта было обычным мирским именем, которое не несли никакой «опричной» окраски.

Суффикс -ин в фамилии Малюютин — классический русский патронимический суффикс, отвечающий на вопрос «чей?». Он указывает на принадлежность: Малюютин — «сын Малюты». Такая модель (основа на -а, -я + -ин) характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имён с окончанием на гласный. Сравните: Ильин, Никитин, Фомин.

Географически фамилия и её варианты (Малютин, Малютинов) распространены в центральных и северных областях России, особенно в бывших Новгородских и Вятских землях. Встречается она и в среде старообрядцев, где часто сохранялись архаичные формы имён и прозвищ. Сословная принадлежность предков-Малюютиных, скорее всего, была крестьянской или мещанской: дворянские роды с такой фамилией неизвестны, хотя отдельные представители могли выбиться в купцы или священники.

Итог прост: Малюютины — это потомки человека по прозвищу Малюта, то есть «малыша» или младшего в семье. Двойное «ю» в корне — не ошибка, а диалектная особенность письменной фиксации, которая закрепилась в документах и стала отличительной чертой рода.