Фамилия Малюсины принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от мирского имени. В основе лежит ласкательное имя Малюся, которое родители давали ребёнку. Корень имени — древнерусское слово «малый», указывающее на маленький рост или младший возраст. Скорее всего, так называли младшего ребёнка в семье или невысокого человека.

Словообразовательная модель проста: к основе Малюс- добавился типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Малюсин, то есть сын или потомок Малюси). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России. Менее вероятна версия, что фамилия произошла от крестильного имени, — в православных святцах такого имени нет.

Одно из ранних упоминаний однокоренного имени встречается в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского: записан Борис Васильевич Малой, живший в Новгороде в конце XV века. Хотя прямая связь с Малюсей не установлена, это показывает, что прозвища с корнем «мал-» бытовали в русских землях уже в ту эпоху.

Фамилия Малюсины — нечастая. Встречается преимущественно в центральных регионах России, но отдельные носители рассеяны по разным областям. В отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -ин часто сохраняет более древний пласт народной антропонимии, где прозвище давалось не по отцу, а по личному качеству или положению в семье.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако фамилия Малюсины — живой след народной традиции именования, где ласковое прозвище закрепилось за целым родом.