Основой фамилии Малюсев послужило мирское имя Малюсь. Мирское имя Малюсь восходит к прилагательному «маленький». Вероятно, Малюсем именовали младшего ребенка в семье. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Малюсев лежит не мирское имя, а прозвище Малюсь – так могли прозвать невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюсь, со временем получил фамилию Малюсев.