Основой фамилии Малюсин послужило мирское имя Малюся. Фамилия Малюсин, скорее всего, была образована от ласкательного имени Малюся, которое родители дали ребенку. Одно из первых упоминаний однокоренного имени относится к концу XV в.: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Борис Васильевич Малой, Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюся, со временем получил фамилию Малюсин.