Фамилия Малюсин образована от прозвища или мирского имени Малюся — ласкательной формы, которую в быту давали самому младшему или маленькому ребенку. В основе лежит корень «мал-», указывающий на рост или возраст. Слово «малюся» (от «малый», «маленький») звучало так же тепло, как современные «малыш» или «малюточка». Позднее от этого имени через притяжательный суффикс -ин (отвечающий на вопрос «чей?») возникла фамилия: Малюсин — значит «сын или потомок Малюси».

Одно из первых письменных упоминаний однокоренного имени встречается в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: там записан Борис Васильевич Малой, живший в Новгороде в конце XV века. Это показывает, что прозвища с корнем «мал-» были распространены в русских землях уже несколько столетий назад. Фамилия Малюсин — одна из тех, что закрепилась за потомками человека по его домашнему имени, а не по церковному крестильному.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я: так же появились, например, Малютин, Малыгин, Малявин. Все они восходят к разным вариантам одного и того же корня, но Малюсин — более редкая форма. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает новгородское происхождение основы.