Фамилия Малюский образована от имени Малюска — так в старину называли младшего, самого маленького ребёнка в семье. В основе лежит украинское слово «малюк», то есть маленький ребёнок. Такие имена (Малюк, Малюга, Малой, Малец) давали не для крещения, а в быту, чтобы выделить самого младшего среди братьев и сестёр.

Суффикс -ский в фамилии Малюский — это не польский шляхетский маркер, а скорее модель, характерная для украинских и белорусских фамилий, образованных от имён на -а. В данном случае суффикс присоединился к основе Малюск- (от Малюска). Похожим образом появились фамилии Стецкий (от Стецько), Грицкий (от Грицько) и другие.

Вторая версия, менее убедительная, связывает фамилию напрямую с прозвищем по внешнему признаку — маленький рост. Но в этом случае естественнее было бы ожидать фамилии Малюков или Малюгин, а не форму на -ский. Поэтому версия с именем Малюска выглядит предпочтительнее: она объясняет и суффикс, и саму основу.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к западным регионам бывшей Российской империи — современной Украине и Беларуси. Встречается в вариантах написания Малюский, Малюський, Малюсский — последний, скорее всего, результат поздней канцелярской ошибки или двойного написания.