Фамилия Манакеров — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным и необычным занятием. Корень здесь — «манакер», искажённое «менеджер» или «манагер». В русском языке XIX — начала XX века так могли называть управляющего, приказчика, распорядителя на предприятии или в имении, особенно если речь шла об иностранце или о человеке, который перенял западную манеру управления. Слово пришло из английского manager через польское или немецкое посредничество, и в крестьянской или мещанской среде оно звучало как диковинка, а потому легко становилось прозвищем.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Манакер» прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Манакеров буквально значит «сын Манакера» или «из семьи Манакера». Суффикс -ов здесь самый распространённый, но сама основа — уникальная: она не встречается в крестьянских именниках, не образована от календарного имени и не связана с ремёслами вроде кузнеца или плотника. Это выдаёт носителя как потомка человека, который в силу профессии или положения выделялся на фоне окружающих.

География фамилии узкая. Манакеровы встречаются в основном на юге России и в Поволжье — в Ростовской, Волгоградской областях, в Ставропольском крае. Это регионы, где в пореформенный период активно развивалось крупное помещичье хозяйство и появлялись первые управляющие из числа грамотных крестьян или отставных солдат. Вероятно, именно там какой-то «манакер» — приказчик или эконом — получил своё прозвище, которое затем закрепилось за его детьми.

В словарях русских фамилий Манакеров не упоминается, что подтверждает её редкость. Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» разбирает похожие случаи заимствованных прозвищ (вроде Шоферов, Директоров), но Манакеров остаётся за рамками его обзора. Это не ошибка — просто фамилия слишком локальная и поздняя. Возможно, её носители — потомки вольнонаёмных управляющих, которые после отмены крепостного права пошли в услужение к помещикам и получили прозвище по должности.

Других версий происхождения, по сути, нет. Корень не похож на тюркский или финно-угорский, не связан с географическими названиями и не восходит к личному имени. Если когда-нибудь и существовало слово «манакер» в значении «ловкий делец» (от диалектного «манатить» — манить, обманывать), то это лишь народная этимология: слишком далеко по смыслу и звучанию. Надёжнее остановиться на версии с управляющим — она объясняет и редкость фамилии, и её социальный оттенок.