Фамилия Манеко — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, имело нелестный, профессионально-бытовой оттенок. В её основе лежит немецкое слово «manko» (недостача, недочёт), которое попало в обиход через торговлю и бухгалтерское дело. Судя по этой версии, прозвище Манеко могли дать человеку, который систематически обсчитывал или недовешивал товар — то есть торговцу, склонному к мелкому мошенничеству.

Слово «манко» закрепилось в русском языке как специальный термин, означающий выявленную при проверке недостачу денег или товаров. Поэтому прозвище могло закрепиться и за бухгалтером или кассиром, у которого постоянно «висело» манко, или за нерадивым приказчиком.

Интересно, что фамилия образована без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Вместо этого прозвище перешло в фамилию в чистом виде, что характерно для украинской или белорусской традиции, а также для фамилий, которые фиксировались в письменных источниках поздно, уже в XIX веке. Это говорит о том, что носитель фамилии, скорее всего, происходил из западнорусских земель, где влияние польского и немецкого языков было сильнее, а сами фамилии нередко застывали в форме прозвища.

Других убедительных версий происхождения нет. Вариант с итальянским корнем (mano — рука) или с японским именем Манеко (как в «Манеки-нэко») — это народная этимология, которая не выдерживает критики: фамилия фиксируется в старых документах именно в русскоязычных регионах, и её значение связано с торговлей, а не с восточной культурой.