Фамилия Маньковский входит в обширную группу фамилий, образованных от женских имён. В её основе лежит просторечная форма имени Мария — Маня, Манька. Само имя Мария пришло из древнееврейского языка и означает «любимая, желанная» или «госпожа». В православии это имя чаще давали не в честь Богородицы, а в честь других святых — Марии Египетской и Марии Магдалины.

Фамилия образована по типичной для дворянских родов модели: основа плюс суффикс -ск-. Такие фамилии изначально были притяжательными прилагательными и указывали на принадлежность главе семьи. Таким образом, потомок женщины по имени Манька со временем получил фамилию Маньковский.

Существует и другая, менее правдоподобная версия: основа могла восходить к мужскому имени Мануил (с древнееврейского — «с нами Бог»). Однако женская версия выглядит убедительнее, поскольку просторечная форма Маня исторически была широко распространена, а уменьшительные формы женских имён нередко становились основой для фамилий на -ский.

Процесс формирования фамилий был длительным, и точно установить место и время возникновения рода Маньковских можно только в ходе специальных генеалогических изысканий. Тем не менее, сама фамилия остаётся заметным памятником славянской письменности и культуры, сохранившим в себе живую народную форму имени.