Фамилия Манковы (в мужском роде — Манков) образована от личного имени или прозвища Манко. Это имя не было каноническим, и его происхождение спорно. Основная версия связывает Манко с одной из уменьшительных форм имени Мария. В переводе с древнееврейского Мария означает «любимая, желанная» или «госпожа». Путь превращения Марии в Манко выглядит так: Мария → Маня → Манька → Манко. Для славянских фамилий, образованных напрямую от женского имени, это редкость, но для еврейских фамилий — обычное дело. Поэтому нельзя исключать, что основатель рода Манковых носил имя Манко именно как производное от Марии.

Есть и вторая версия, более распространённая в польской и белорусской ономастике. Фамилии с корнем Ман- (Манич, Маневич, Манкевич, Маневский) часто связывают с библейским именем Иммануил или Мануил, что означает «с нами Бог». Усечённая форма Манко в этом случае — просторечный вариант крестильного имени. Среди славян такие сокращения были типичны: Манко могло быть домашним именем человека, которого в церкви записали как Мануила.

В русских документах фамилия фиксируется с XIX века. Например, в Книге памяти Нижегородской области упомянут слесарь судоремонтного завода имени В. Молотова Манков Федор Кузьмич, родившийся в 1900 году в селе Покров Сергачского района. Такая география указывает на бытование фамилии в центральной России, хотя её корни, скорее всего, уходят в западнорусские или польские земли, где форма Манко была привычнее.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Манков», то есть сын или потомок Манко. Это отчество, застывшее в фамилии. Встречается также вариант Манковы — множественное число, обозначающее весь род.