Фамилия Манкова образована от мужского имени или прозвища Манко. В основе, скорее всего, лежит краткая форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»). В русской народной традиции имена часто укорачивали: Мануил превращался в Мануйла, а от него — в Маню, Манюшу или Маньку. Суффикс -к- здесь уменьшительно-ласкательный или обиходный, а -а — окончание, типичное для прозвищ.

По другой версии, Манко могло быть прозвищем, данным за характер или внешность. В южнорусских и украинских говорах «маня» или «манька» иногда означало человека с мягким, податливым нравом, «манного». Но это менее вероятно: фамилии на -ов/-ев в основном образуются от полных или уменьшительных форм имён, а не от нарицательных прилагательных.

Фамилия Манкова — женская форма, мужская — Манков. Она характерна для северных и центральных областей России, а также для регионов, где было распространено имя Мануил. Встречается и у староверов, которые любили архаичные формы имён.

С точки зрения словообразования, фамилия типична для русского ономастикона: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Манка». По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не элитарная, а массовая, бытовая.

Сравните с однокоренными Мануйлов, Мануленко, Манюков — все они восходят к тому же имени, но через разные суффиксы. Манкова стоит в этом ряду как самая краткая и простонародная форма.