Фамилия Манкина — редкий случай, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Это женская форма фамилии Манкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Манка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Манкин буквально значит «сын (или потомок) Манки». Вопрос в том, кто такая или кто такой Манка.

Самая вероятная версия отсылает к уменьшительной форме крестильного имени Мануил (церковное Еммануил, от древнееврейского «с нами Бог»). В народной речи имя сократили до Маня, а от него образовали Манка — по той же модели, что Ваня — Ванька, Петя — Петька. Фамилия Манкин, таким образом, стоит в одном ряду с Ваниным, Петькиным, но встречается гораздо реже.

Есть и другая, более прозаичная возможность: прозвище Манка могли дать человеку, связанному с манкой — манной крупой. В русских говорах «манка» — это и сама крупа, и каша из неё. Прозвище мог получить мельник, торговавший крупой, или просто любитель манной каши. Такие «пищевые» фамилии в России не редкость (Кашкин, Киселев), но для Манкина эта версия слабее: прозвище от имени встречается чаще, чем от названия продукта.

Географически фамилия Манкина не привязана к одной области, но в дореволюционных переписях она чаще встречалась в центральных губерниях и на юге России. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Макина, но это уже другая фамилия, от имени Макарий или Макар.