Фамилия Маннакова — женская форма фамилии Маннаков, а та, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Маннак. В русских говорах слово «маннак» не зафиксировано, поэтому ключ к разгадке лежит в тюркских языках. В башкирском, татарском и казахском «ман» означает «родинка», «родимое пятно», а аффикс «-ак» придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок. Так что Маннаком могли назвать человека с приметной родинкой.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая логики. В некоторых тюркских диалектах «маннак» — это «хлопок» или «вата». Тогда прозвище могло относиться к торговцу хлопком или человеку с мягким, пушистым характером. Однако первое объяснение встречается в ономастике чаще: фамилии по родимым пятнам — распространённое явление у тюркских народов, откуда они перешли к русским через межэтнические контакты.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на принадлежность: Маннаков — буквально «сын Маннака». Фамилия не дворянская, не священническая — скорее крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, возникших от прозвищ в XVI–XVIII веках. Географически она чаще встречается в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане — регионах, где веками жили рядом русские и тюркские народы.

Примечательная деталь: двойное «н» в корне. В исходном тюркском слове «ман» одна «н», но в русской записи часто появляется удвоение из-за того, что суффикс «-ак» присоединяется к основе, и на стыке согласные не удваиваются — это чисто орфографическая особенность. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание «Манаков» — с одной «н», что подтверждает случайный характер удвоения.