Фамилия Манжиков заставляет задуматься в первую очередь о её корне. Наиболее вероятная версия — происхождение от калмыцкого имени Манжи, которое является краткой формой от Манджи, а то, в свою очередь, восходит к тибетскому «Манджушри» — имени бодхисаттвы мудрости в буддийской традиции. У калмыков это имя было довольно распространённым, и от него образовано множество фамилий с помощью русского суффикса -ов, который присоединялся к национальным основам при оформлении фамилий в XVIII–XIX веках. Таким образом, Манжиков буквально означает «потомок Манжи».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «манжы» или «манж» — так в некоторых тюркских языках называли китайцев или маньчжуров. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, имевшего внешние черты или родственные связи с выходцами из Китая. Однако эта версия слабее: во-первых, слово «манж» в значении «китаец» чаще встречается в среднеазиатских диалектах, а не в калмыцком или монгольском, во-вторых, буддийское имя Манжи даёт более естественное объяснение для фамилии, учитывая, что калмыки исповедовали буддизм.

Географически фамилия Манжиков почти наверняка указывает на Калмыкию или соседние регионы Нижнего Поволжья, где калмыки компактно проживают. В русских переписных книгах и ревизских сказках XIX века такая фамилия встречается именно среди калмыцкого населения Астраханской губернии. Носители фамилии, скорее всего, были скотоводами или казаками — калмыки входили в состав Астраханского и Донского казачьих войск.

Словообразовательная модель проста: основа Манжик (уменьшительно-ласкательная форма от Манжи) плюс патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Манжи́ков. Встречаются варианты написания с одной «ж» — Манжиков, но двойная «ж» в корне не является ошибкой, так как исходное имя Манжи произносится с долгим звуком.