Фамилия Манжин образована от прозвища Манжа с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность («чей?» — сын Манжи). Само прозвище не имеет единого и бесспорного объяснения, и здесь сталкиваются несколько языковых версий, разбросанных по разным уголкам Евразии.

Одна из гипотез ведет к литовскому слову manžytis — «жеманиться, ломаться, кривляться, баловаться». Если это так, то прозвище могло закрепиться за человеком с капризным или игривым нравом. Другая версия отсылает к украинскому глаголу «манджати» — «идти быстро, спешить». В этом случае прозвище отражало торопливость или суетливость предка. Третий вариант — киргизское слово «манжы», означающее «дряхлый», и тогда прозвище мог получить старый или больной человек.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Манжин — типичный пример русской фамилии на -ин, образованной от основы, оканчивающейся на -а. Такая модель характерна для северных и центральных областей России. Однако из-за разнородных корней (литовский, украинский, тюркский) определить точную географию фамилии сложно: она могла возникнуть в пограничных регионах, где сталкивались разные языковые традиции.

Примечательно, что в отличие от многих фамилий, где одна версия явно доминирует, в случае Манжина все три гипотезы имеют равное право на существование, и окончательный ответ зависит от того, в какой именно местности и в какой среде жил первый носитель прозвища.