Фамилия Манзина — женская форма, но в разговоре о происхождении удобнее отталкиваться от мужского варианта Манзин. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: Манзин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу или имени Манзя. Основа здесь — Манз- с суффиксом -я, типичным для обиходных, сокращённых имён (ср. Коля, Петя, Ваня). Следовательно, в основе лежит личное имя или прозвище, которое звучало как Маня или Манза.

Самая вероятная версия — связь с крестильным именем Мануил (каноническая форма Иммануил, в просторечии — Мануйло). Уменьшительная форма Маня, Манза дала начало множеству фамилий: Манин, Маничев, Маньков. Манзин — тот же ряд, но с другим суффиксальным оформлением. Менее распространённая, но возможная версия — от прозвища, связанного с глаголом «манить» (звать, привлекать). В этом случае Манзя — человек, который манит, завлекает, или, наоборот, тот, кто легко поддаётся на манок. В северных и сибирских говорах слово «манить» имело и значение «медлить, тянуть», что тоже могло стать основой прозвища.

Географически фамилия Манзин (и Манзина) встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от обиходной формы крестильного имени: именно в этих регионах были сильны традиции бытовых вариантов календарных имён. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или мещанская фамилия, что типично для образований с суффиксом -ин от просторечных имён.

В написании фамилии возможна путаница: вариант Манзина иногда ошибочно записывают как Манзина с ударением на второй слог, но фонетически правильнее ударение на первый — Ма́нзина. Встречаются также однокоренные фамилии Манзуров и Маньков, но они образованы от других основ и не являются прямыми вариантами.