Фамилия Манзырева ведет начало от прозвища Манзырь, а оно, в свою очередь, — от названия села Манзырь. Это село находилось на территории современной Одесской области Украины (в 1945 году его переименовали в Лесное). Вероятнее всего, предок носителей фамилии родился или долгое время жил в этом населенном пункте.

История села Манзырь неразрывно связана со старинным молдавско-румынским боярским родом Стурдза. Имением владел чиновник Министерства иностранных дел Александр Скарлатович Стурдза, а затем его сестра, графиня Роксандра Скарлатовна Эдлинг (по мужу). Она была фрейлиной императрицы Елизаветы Алексеевны и получила Манзырь в дар от Александра I. Около 1848 года имение перешло к князю Евгению Григорьевичу Гагарину, который женился на дочери Александра Скарлатовича — Марии Александровне. В том же году из Манзыря учредили заповедное княжеское имение, которое должно было перейти к старшему внуку, чтобы тот именовался князем Гагариным-Стурдза.

Фамилии, образованные от названий мест, изначально указывали не только на принадлежность к роду, но и на связь с конкретной местностью. В русской традиции такие фамилии оформлялись разными суффиксами. Например, окончания на -ский/-цкий чаще закреплялись за дворянством и знатью, а фамилии на -ов/-ев, -ин, -их/-ых и другие — за представителями прочих сословий. Фамилия Манзырева пошла по второму пути: к основе Манзырь прибавили суффикс -ев, что даёт понять — предок относился не к титулованной знати, а к простым жителям, чья фамилия просто означала «сын (или потомок) человека по прозвищу Манзырь».

В исторических документах фамилия встречается. В Книге памяти Читинской области упомянут помощник машиниста Манзырев Василий Афанасьевич, родившийся в 1881 году в городе Баргузин Забайкальской области. Эта запись показывает, что носители фамилии жили далеко за Уралом, что нередко для переселенцев из южных и центральных губерний России.