Фамилия Маргазинская — одна из тех, что сразу выдают своё географическое происхождение. Суффикс -ск- (в женском роде -ская) указывает на то, что фамилия образована от названия места: села, деревни, усадьбы. В русской ономастике такие фамилии традиционно носили дворяне, духовенство, а также выходцы из западных и юго-западных земель, где топонимические фамилии были массовым явлением.

Основа фамилии — Маргазин. Скорее всего, это название населённого пункта, например, деревни Маргазино или Маргазы. В польском, белорусском и украинском ономастиконе встречаются топонимы с корнем «маргаз-», восходящим, вероятно, к диалектному слову «маргаз» — так в некоторых говорах называли торгаша, перекупщика, человека, занимающегося мелочной торговлей. Слово это, в свою очередь, могло прийти из тюркских языков, где «маргаз» означало «скупщик», «торговец скотом». Таким образом, фамилия Маргазинская могла первоначально обозначать «принадлежащий к Маргазину» или «родом из Маргазина», а сам топоним, вероятно, возник как прозвище основателя поселения — человека, промышлявшего торговлей.

С точки зрения словообразования, фамилия Маргазинская — типичная «посессивная» модель на -ин- + -ск-. Сначала от личного прозвища Маргаза образовали название владения Маргазино (буквально «земля Маргазы»), а затем от этого названия — фамилию. В современной России фамилия встречается нечасто, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать корни в западных регионах — на Смоленщине, в Беларуси или на Волыни, где была распространена модель фамилий на -ский от названий мелких хуторов и усадеб.