Фамилия Марьин отвечает на вопрос «чей?» и образована от женского имени Марья — так на Руси звучало библейское имя Мария. В основе лежит древнееврейское mrym, то есть Мариам, которое переводят как «любимая», «желанная», «госпожа». Такая модель — от имени матери, а не отца — встречается реже, чем патронимическая, и указывает, что предок носителя фамилии был сыном или дочерью женщины по имени Марья.

Притяжательный суффикс -ин в данном случае работает просто: Марьин значит «Марьин сын» или «Марьин человек». Подобным образом устроены фамилии Татьянин, Натальин, Аннин. Часто такие фамилии закреплялись за внебрачными детьми, которых записывали по матери, или за теми, кого воспитывала одна мать. Впрочем, возможен и другой путь: в некоторых говорах Марьей могли звать не только женщину, но и мужчину с «женским» прозвищем, данным в насмешку или по какой-то местной традиции.

Стоит заметить, что ударение в фамилии может падать на первый слог — Ма́рьин, и тогда она четко читается как притяжательное от Марья. Но в ряде регионов говорят Марьи́н, сближая фамилию с названием растения марья́нник или с топонимами вроде села Марьино. Таких географических названий по всей России множество, и часть носителей фамилии могли получить ее не от имени, а от места жительства — выходцы из Марьина, Марьиной слободы или деревни.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к типично русским фамилиям от канонических имен в их народной форме. Имя Мария было одним из самых частотных на Руси, поэтому фамилия Марьин встречается повсеместно, без выраженной региональной привязки. В архивных документах XVII века попадаются крестьяне и посадские люди с этим именованием, но громких исторических родов с такой фамилией не сложилось — она осталась «простой», народной.

Родственными фамилиями можно считать Марьичев (от уменьшительного Марьич), Марькин, Марютин. Все они выросли из одного корня, но разными суффиксальными путями, и потому звучат по-разному, хотя родство очевидно. Если ваши предки носили фамилию Марьин, скорее всего, среди них была женщина по имени Марья, чье имя закрепилось за потомками навсегда.