Фамилия Маркосьн — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Окончание -ьн сразу выбивается из ряда привычных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Скорее всего, перед нами не русская, а украинская или белорусская фамилия, записанная на слух. В украинском языке суффикс -ен (как в фамилиях Марко́сен, Ива́сен) под ударением или в диалектном произношении мог перейти в твердое -ьн. Иными словами, Маркосьн — это вариант фамилии Маркосен или Маркозен, где конечное -ен редуцировалось до твёрдого согласного.

Основа фамилии — имя Марк, точнее его разговорная форма Марко. В православных святцах имя Марк (от латинского «молот») было распространено, а в украинской и белорусской среде уменьшительная форма Марко считалась самостоятельным именем. Суффикс -ен указывает на патроним: «чей?» — Маркосен, то есть сын Марко. Таким образом, первый носитель фамилии был сыном человека по имени Марко.

Географически фамилия Маркосьн почти наверняка привязана к западноукраинским землям или юго-западу Беларуси. В этих регионах фамилии на -ен (и их фонетические варианты) особенно типичны. В России такая форма практически не встречается, и носитель фамилии с большой вероятностью имеет корни из Волынской, Галиции или Полесья.

Стоит отметить, что написание через «ь» (Маркосьн, а не Маркосен) — это не ошибка, а фиксация живого произношения. В документах XIX — начала XX века, когда фамилии записывали со слов, писарь мог передать именно тот звук, который слышал: твёрдое «н» после мягкого «с». Поэтому в архивах можно встретить оба варианта — и Маркосен, и Маркосьн. Второй — более редкий и ценный для генеалога, так как сразу указывает на регион бытования.