Фамилия Марковскис — это литовский или латышский вариант славянской фамилии Марковский. Такая модель образования типична для балтийского региона: славянский суффикс -ский адаптировали в форму -скис, которая звучит естественно для литовского или латышского уха. Так что перед нами не самостоятельная фамилия, а переоформление уже готовой польской, белорусской или украинской основы.

В основе лежит имя Марк. Римское родовое имя Марк (Marcus) имеет две версии перевода: либо «слабый, вялый» (от лат. marcus — молот, но в переносном смысле), либо «родившийся в марте». Вторая версия популярнее, хотя лингвисты спорят. Для истории фамилии это не принципиально: имя стало христианским благодаря евангелисту Марку. Согласно преданию, Марк был спутником апостолов Петра и Павла в Риме, затем основал церковь в Александрии, стал её первым епископом и принял мученическую смерть 25 апреля 68 года н. э. Культ святого Марка широко распространился в Европе, поэтому имя давали новорождённым без оглядки на латинскую этимологию.

Фамилии на -ский традиционно считались дворянскими или шляхетскими в Польше и Великом княжестве Литовском. Марковский мог быть гербовым шляхтичем, но также фамилию мог получить крестьянин, переселившийся в имение пана Марковского, или священник, взявший фамилию по храму святого Марка. Когда носитель такой фамилии оказывался на территории современной Литвы или Латвии, местная администрация или он сам менял окончание на -скис — так возникал Марковскис.

Обратите внимание на ударение: в литовском оно обычно падает на первый слог (Ма́рковскис), тогда как в польском Марко́вский — на второй. Это косвенно подтверждает, что фамилия прошла через балтийскую языковую среду, где акцент сместился. Встречается она преимущественно в Литве и среди латышских староверов, а также в диаспоре. Если ваши предки носили Марковскис, скорее всего, они происходят из района, где славянское население веками соседствовало с балтийским, а фамилию записали по местным правилам.