Фамилия Марковцов — один из тех случаев, когда корень очевиден, а суффикс задаёт вопрос. Основа — имя Марк, в крещении данное в честь апостола-евангелиста. Но если фамилии Марков, Маркин, Маркович встречаются на каждом шагу, то Марковцов выделяется редкой и громоздкой моделью.

Разгадка — в суффиксе -овц-. В русском языке он указывал на принадлежность к определённой группе людей: поповец (сын попа), дьяковец (сын дьяка), стрельцов (сын стрельца). Марковцов, по той же логике, — «сын Маркова» или «сын того, кто носил фамилию Марков». Иными словами, это не прямая отчество от Марка, а фамилия-«внук», образованная от уже существующей фамилии Марков. Такая цепочка часто возникала в среде, где было много однофамильцев: чтобы отличить одного Маркова от другого, его сына называли Марковцовым.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям. В переписях XIX века Марковцовы встречаются в Курской, Воронежской губерниях, на Дону. Это зона, где фамилии с суффиксом -овцев/-овцов были более употребительны, чем в северных регионах. Социальный состав — преимущественно крестьяне и казаки. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что подтверждает её «низовое» происхождение: она родилась в быту, для практической нужды различать людей.

В написании возможна вариация: Марковцев (через е) — фонетически более южный вариант, где безударное о переходит в е. В современных документах встречаются оба, но Марковцов — исторически исходная форма, так как суффикс -овц- образован от -ов- + -ец, где гласная о сохраняется под ударением в косвенных падежах (Марковцова).