Фамилия Маройко — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Суффикс -ко характерен для украинских, реже белорусских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён. В основе лежит имя Марой, которое само по себе является производным. Скорее всего, это народная форма от крестильного имени Мар (сокращение от Маркелл, Мартин, Маркиан) с уменьшительным суффиксом -ой, как в именах Дмитрой, Иванкой. Другая версия — основа от глагола «марать»: Марой могло быть прозвищем неаккуратного человека или, наоборот, того, кто занимался пачкающей работой (маляр, гончар, печник). В пользу имени говорит то, что фамилии на -ойко чаще отталкиваются от имён, а не от прозвищ.

Фамилия Маройко почти не встречается в массовых справочниках и переписях XIX века. Её носители — выходцы из западных областей Украины, вероятно, из Волыни или Подолья, где -ойко как суффикс бытовал активнее, чем на Левобережье. В русских фамилиях такой суффикс нехарактерен, поэтому Маройко — однозначно украинская фамилия, сохранившаяся в малом числе. По модели образования она близка к фамилиям Марченко, Маркевич, но с более архаичным суффиксом.

Социально предки Маройко — скорее всего, крестьяне или казаки, так как фамилии на -ко в украинской среде были массовыми именно у непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Ударение, судя по типу, падает на последний слог: Маройко́.