Фамилия Марко — это краткая, усечённая форма от полного имени Марк. В основе лежит мужское крестильное имя Марк, которое пришло в русскую традицию из латыни. У него два основных толкования: либо «слабый, вялый» (от латинского marcus), либо «родившийся в марте» (от названия месяца Martius). Какая из версий верна — спорят до сих пор, но обе имеют под собой лингвистическую почву.

Фамилия образована без типичного для русского языка суффикса -ов или -ин, то есть по южнославянской или западноукраинской модели. В русской среде имя Марк обычно давало фамилии Марков, Маркин, а форма Марко — это либо прямой перенос имени в качестве прозвища, либо её принесли переселенцы с Балкан или из Галиции. В польском, сербском, болгарском и хорватском языках такое окончание — норма.

На территории бывшей Российской империи фамилия Марко встречается реже, чем Марков, и тяготеет к западным губерниям: Волынской, Подольской, Гродненской. Там имя Марк в быту часто произносили именно как Марко, и это закреплялось в документах как фамилия. В Запорожской Сечи тоже фиксировали казаков с таким прозвищем — оно было кратким, звонким и удобным для переписи.

Если говорить о значении, то предок по фамилии Марко мог быть либо человеком, родившимся в марте (по второй версии), либо обладателем прозвища, данного по характеру. Латинское «вялый» звучит нелестно, но в народной этимологии оно часто переосмысливалось: «маркий» на русском означало «пачкающийся», «легко пачкающий», что могло стать шутливым прозвищем для неопрятного или, наоборот, чересчур чистоплотного человека. Однако чаще всего фамилию давали просто по имени отца, без дополнительной смысловой нагрузки.

В ономастических справочниках фамилию Марко иногда путают с итальянской — в Италии Марко одно из самых распространённых имён. Но в русском контексте это не итальянское заимствование, а местная адаптация канонического имени Марк, просто сохранившая звательную или народную форму.