Фамилия Марцен может представлять собой северо-германский (а в некоторых случаях даже польский, белорусский или украинский) вариант имени Марц — уменьшительной формы имени Марк, Март или Мартин, которые восходят к названию месяца марта или к имени римского божества Марса. Однако имя Марцен может иметь исконно германское происхождение и быть связано с основой mari - «известный, знаменитый».