Фамилия Марцинкан звучит нехарактерно для русского уха — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это прямой признак того, что перед нами фамилия белорусского или польского происхождения, причём довольно поздняя по времени закрепления. Её основа — имя Марцин, белорусская и польская народная форма канонического имени Мартин (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», то есть воинственный). В русской традиции это имя давало фамилии Мартынов, Мартинов, а в западнорусских землях — Марцинкевич, Марциновский, Марцинчик.

Марцинкан образована с помощью суффикса -ан, который в белорусской ономастике встречается реже, чем в польской, но всё же встречается. По одной из моделей, суффикс -ан мог указывать на принадлежность к роду или на происхождение от конкретного человека: Марцинкан — буквально «потомок Марцина» или «человек из семьи Марцина». В польском языке похожая модель даёт фамилии типа Марцинкевич (с суффиксом -кевич), а вариант на -ан мог закрепиться в восточных регионах Речи Посполитой, где белорусский диалект смешивался с польским.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища Марцинкан, данного человеку, который был связан с именем Марцин не по прямой линии, а, например, служил у пана Марцина или жил на его земле. Однако в таком случае суффикс чаще был бы -ич или -ов.

Географически фамилия Марцинкан встречается в основном на территории современной Беларуси (Гродненская, Брестская области), а также в западных регионах России, куда переселялись крестьяне в XIX — начале XX века. В польских переписях фамилия фиксируется как Marcin kan с разными вариантами написания, но в русской передаче она закрепилась именно как Марцинкан — без удвоения согласных и с окончанием на твёрдый согласный.

Сословно носители фамилии в большинстве были крестьянами или мещанами — шляхетский суффикс -ский здесь отсутствует, а суффикс -ан указывает скорее на простонародную среду. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается с конца XVIII века, но массово фиксируется лишь после отмены крепостного права, когда крестьянам стали повсеместно давать фамилии по имени отца или деда.

Таким образом, Марцинкан — фамилия-отчество, указывающая на предка по имени Марцин. Она несёт в себе след западнорусского культурного слоя, где православные и католические имена переплетались, а фамилии образовывались по моделям, отличным от великорусских.