Фамилия Марцкий — редкий случай, когда географическая привязка, скорее всего, первична, а не прозвище или имя. Основа фамилии — топоним с корнем «Марц-». На карте Восточной Европы можно найти несколько небольших населённых пунктов с похожим названием: например, село Марц (Марци) в Латвии или деревни с основой «Марц-» в Беларуси и Польше. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвище Марцкий — то есть «тот, кто из Марца». Окончание «-ский» в таких фамилиях часто указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в реальности его могли присвоить и крестьянину, которого записывали по месту выхода.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В западных и южных говорах (украинских, польских) слово «марц» или «марца» могло быть диалектным вариантом «март» (месяц) или относиться к прозвищу человека, родившегося в марте. Однако эта гипотеза слабее: суффикс «-ц-» в основе скорее указывает на конкретное имя или топоним, чем на месяц. Фамилии от календарных названий обычно образовывались иначе — Мартов, Мартюков.

Словообразовательная модель Марцкий — типичная для фамилий на «-ский», которые активно формировались в XVI–XVII веках среди польской и западнорусской шляхты, а затем распространились на остальные сословия. Если предки носителя фамилии были мещанами или крестьянами, фамилия могла закрепиться за ними после отмены крепостного права, когда многим давали «географические» фамилии по названию деревни или уезда.

В современной России фамилия Марцкий встречается редко, преимущественно в западных регионах — Псковской, Смоленской областях, а также в Беларуси. Носители фамилии, скорее всего, имеют смешанные восточнославянские и балтские корни, что отражает историю пограничья, где перемешивались языки и культуры.