Основой фамилии Марукин послужило мирское имя Мара. Мирское имя Мара в славянских языках означает «призрак», «видение». По другой версии, в основе фамилии лежит имя Мара (или Маря) — уменьшительная форма одного из имён, начинающегося с Мар- или Мавр-: Марк, Марий, Мавродий и т.д. Суффикс -ук указывает на белорусское происхождение фамилии Марук. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мара, со временем получил фамилию Марукин.