Фамилия Марюкина — женская форма фамилии Марюкин. В её основе лежит редкое для русских фамилий окончание -ин, которое в данном случае присоединяется не к отчеству или профессии, а к прозвищу или личному имени, оканчивающемуся на -а/-я. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Корень «Марюк» — это, скорее всего, производная форма от крестильного имени Марий (лат. Marius) или его русского аналога Марья. Уменьшительно-ласкательные суффиксы -юк, -юк(a) в старину активно использовались в быту: Марюк — это «маленький Марья» или «сын/внук Марья». В некоторых говорах «марюка» могло означать и прозвище, связанное с внешностью или характером: например, так называли человека смуглого, чернявого или, напротив, слишком мягкого, «маркого» (пачкающегося).

Филолог Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий отмечает, что фамилии на -юкин (Марюкин, Кирюкин, Ванюкин) типичны для бывшего Новгородского края и Вологодчины. Там форма «Марюк» могла быть не только уменьшительным, но и уличным прозвищем целой семьи. Поскольку фамилия недворянская и не попала в «Бархатную книгу», её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени родоначальника.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Марьин, Марьенков, Марютин — Марюкина стоит ближе к северной диалектной традиции. Встречается она преимущественно в Кировской, Вологодской и Архангельской областях, а также среди переселенцев в Сибири. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Марю́кина.