Фамилия Марынин напрямую отвечает на вопрос «чей ты?» и означает «сын Марына». В основе лежит имя Марын — белорусская народная форма крестильного имени Марин, которое восходит к латинскому слову marinus — «морской». Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крещён именно под этим именем, а уже его дети и внуки закрепили за собой отчество, перешедшее в фамилию.

Менее вероятно, что фамилия образована от женского имени Марина (в белорусском произношении — Марына). Фамилии от женских имён в старину давали крайне редко, и обычно только в тех случаях, когда ребёнок рос без отца и его происхождение записывали по матери. Поэтому версия с мужским именем Марын выглядит гораздо правдоподобнее: она вписывается в общую модель, по которой подавляющее большинство русских и белорусских фамилий на -ин образовано от мужских имён и прозвищ.

Интересно, что суффикс -ин здесь указывает на принадлежность, и в данном случае он присоединился к основе, оканчивающейся на согласный, что типично для отчеств от имён типа Марин, Ильин, Фомин. Само имя Марин в православных святцах встречается, но широкого распространения в народе не получило, в отличие от женского варианта Марина. Поэтому фамилия Марынин — довольно редкая, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких локальных родов, где имя Марын было привычным.