Фамилия Марынин, вопреки ожиданиям, совсем не «морская», хотя формально к морю она отношение имеет. В её основе лежит крестильное имя Марин, которое восходит к латинскому marinus — «морской». Так звали раннехристианского святого, и это мужское имя, а не женское. В русской традиции оно не прижилось, а вот в белорусских и украинских землях бытовало в народной форме Марын — с привычным для тех говоров переходом «и» в «ы».

От этого Марына и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Марынин буквально означает «сын Марына», «Марынов человек». Модель простая и очень распространённая: так из имён и прозвищ образовались тысячи русских фамилий.

Существует и другая версия — от женского имени Марина (в просторечии Марына). Но она заметно слабее. Фамилии от женских имён в русской традиции давали редко, обычно когда ребёнок рос без отца и его записывали по матери. В случае с Марыниными такое возможно, но массово и системно такие фамилии не возникали, поэтому основная версия — мужское имя Марин.

Интересно, что фамилия сохранила именно народное, разговорное звучание имени, а не церковное. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были людьми простыми, не книжными: в быту использовали ту форму, которая была привычна в живой речи.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — фамилии у крестьян и мещан закреплялись постепенно, на протяжении нескольких столетий, и письменные источники фиксируют их с большим опозданием. Но сам факт, что фамилия дожила до наших дней в форме Марынины, а не Маринины, — это маленький след живой народной речи, застывший в официальном документе.