Фамилия Марин — один из тех случаев, когда женское имя становится основой для родового прозвания. Вопреки ожиданиям, она образована не от мужского имени, а от имени Мария, которое в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная» или «госпожа». Первоначально фамилия, скорее всего, имела форму Марьин — с мягким знаком, указывающим на принадлежность («чей?» — Марьин сын, то есть сын Марии). Со временем «ь» исчез из написания, и фамилия закрепилась в современном виде — Марин.

Такая модель образования — от женского имени — встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев от мужских имён. Она указывает, что родоначальником мог быть человек, которого в быту называли по матери: например, внебрачный сын или ребёнок, воспитанный одной матерью. В русских деревнях такие случаи фиксировались, хотя и не были массовыми.

Суффикс -ин в фамилии Марин — типичный притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Марин. По той же модели образованы фамилии Катин, Танин, Аннин. Географически фамилия Марин встречается по всей России, но заметно чаще — в южнорусских и центральных областях, где были сильны традиции называть детей по матери в случае отсутствия отца.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с мужским именем Марин — редким календарным именем (от латинского marinus — «морской»). Однако в славянской среде это имя почти не употреблялось, поэтому более правдоподобным остаётся происхождение от имени Мария. В пользу этого говорит и начальная форма Марьин, зафиксированная в старых переписных книгах.

Фамилия Марин — не просто указание на имя, а отражение социального уклада, где женщина могла стать главой рода в документах. Она входит в круг фамилий, которые ономаст Б. Унбегаун относил к «матримониальным» — образованным от имён матерей. Таких фамилий в русском языке немного, и каждая из них — отдельная история семьи, где женское имя стало родовым знаком.