Фамилия Маринин образована от имени, которое стоит за ней. Основной вопрос — какого именно. С одной стороны, это могло быть редкое мужское крестильное имя Марин, которое происходит от латинского «marinus» — «морской». В пользу этой версии говорит то, что подавляющее большинство русских фамилий образовано от мужских имён и прозвищ. С другой стороны, фамилия могла восходить к женскому имени Марина — того же латинского корня («морская»). Фамилии от женских имён в русской традиции встречаются реже, но они возможны, особенно если женщина была главой семьи или вдовой. В данном случае обе версии имеют право на существование, хотя версия с мужским именем Марин выглядит более привычной для словообразовательной модели на -ин.

Святым покровителем имени Марин считается раннехристианский мученик, живший в III веке. В царствование императора Клавдия II (268–270 годы) он вместе с женой Марфой и сыновьями Авдифаксом и Аввакумом пришёл из Персии в Рим поклониться гробам апостолов Петра и Павла. В разгар гонений на христиан семья тайно служила узникам в темницах и погребала казнённых. Однажды они встретили в тюрьме истязаемого за веру Кирина и ухаживали за ним. Этот сюжет, хоть и не связан напрямую с бытовой историей фамилии, даёт представление о том, какое имя легло в её основу.

Среди известных носителей фамилии — Максим Викторович Маринин (родился 23 марта 1977 года), российский фигурист, олимпийский чемпион Турина в паре с Татьяной Тотьмяниной. Также широко известна писательница Александра Маринина, автор многочисленных детективных романов, хотя её фамилия — псевдоним, сознательно образованный по той же модели.

Таким образом, фамилия Маринин — это типичная «патронимическая» фамилия, указывающая на родство по отцу (или, реже, по матери). Её основа — имя Марин или Марина, а суффикс -ин означает «чей?»: сын Марина, потомок Марины.