Фамилия Марцыненко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования, которая закрепилась в восточнославянской ономастике. Её основа — имя Марцин, которое является польской и западноукраинской формой канонического крестильного имени Мартин (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», «воинственный»). Суффикс -енко в украинском языке традиционно означал «сын» или «потомок»: Марцыненко — буквально «сын Марцина».

В отличие от более распространённых русских фамилий на -ов/-ев, которые часто носили крестьяне, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были типичны для казацкой старшины, мещан и духовенства Левобережной Украины. Однако к XIX веку эта модель стала доминирующей для всех сословий на территории современной Украины, поэтому Марцыненко мог носить как казак, так и крестьянин.

Интересная деталь: имя Мартин в украинском языке имеет несколько диалектных вариантов — Мартин, Мартын, Марцин. Форма Марцин (с «ц») закрепилась именно под влиянием польского языка, что указывает на западные регионы Украины (Волынь, Подолье, Галичина) или на пограничные с Беларусью земли. В польском языке фамилия Marcinkiewicz (Марцинкевич) образована по той же модели, что и Марцыненко, но с другим суффиксальным оформлением.

Встречается также вариант написания с одной «н» — Марцыненко, но это орфографическая ошибка, не меняющая смысла. Сравните с однокоренными фамилиями: Мартыненко (от Мартын), Марченко (от Марко), Марцинкевич. Все они восходят к одному корню, но различаются региональной привязкой и суффиксами.

Таким образом, предки носителя фамилии Марцыненко, скорее всего, жили на западе или в центре Украины, а их родовое имя пошло от человека по имени Марцин — возможно, не самого редкого, но дающего чёткую привязку к конкретному родоначальнику.