Фамилия Марцышин образована от имени, которое в русской традиции звучало бы как Марцин — это польская или западнорусская форма канонического имени Мартин (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», то есть богу войны). Исходное имя было широко распространено у католиков и униатов, а в православной среде чаще встречался вариант Мартин. Тот, кто получил фамилию Марцышин, был, скорее всего, сыном или потомком человека по имени Марцин, причём суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Марцышин, то есть «сын Марцина».

Модель образования здесь типична для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -ин и -ын часто имеют не великорусское, а западнорусское происхождение. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в центральных областях, Марцышин тяготеет к землям, где исторически смешивались польские, литовские и восточнославянские влияния — современная Западная Украина, Беларусь, юго-восточная Польша. Встречается также вариант Марцишин, с тем же корнем, но с другим суффиксальным оформлением.

Если копнуть глубже, основа Марцыш- может быть не только от Марцин, но и от уменьшительной формы Марцысь, Марцыш — так в польских и украинских говорах называли Мартина. В таком случае фамилия фиксирует не официальное, а домашнее, ласкательное прозвище, которое закрепилось за родом. Это объясняет, почему фамилия сравнительно редкая: она привязана к локальной диалектной норме, а не к общецерковному имени.

Сословная принадлежность носителей фамилии в прошлом, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилии на -ин в западнорусских землях часто получали люди, не принадлежавшие к шляхте, — дворянство там обычно носило фамилии на -ский/-цкий. Однако точных данных по сословию Марцышиных нет, и строить догадки без документальных подтверждений рискованно. Известно только, что в XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах Волынской и Гродненской губерний.