Фамилия Мартынковский — наглядный пример того, как географическая привязка и народная форма имени складываются в фамилию. Она образована по польско-украинской модели с суффиксом -ский, который указывает на принадлежность к месту. В основе лежит имя Мартын — это народная, восточнославянская форма канонического имени Мартин (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», то есть воинственный). Такое произношение было широко распространено в украинских и белорусских говорах, где «а» после мягкого «р» закрепилось вместо «и».

Корень Мартын- и суффикс -ов- (Мартынков) указывают на то, что первый носитель фамилии был либо сыном Мартына, либо выходцем из населённого пункта с названием Мартынков или Мартынково. Такие топонимы встречаются в западных регионах современной Украины и в восточной Польше. Суффикс -ский в данном случае выполняет роль «выездного» маркера: в XVI–XVII веках его часто получали шляхтичи или зажиточные крестьяне, переселявшиеся из одного села в другое и бравшие фамилию по прежнему месту жительства.

Важно не путать эту фамилию с более простой Мартынов. Мартынов — типичная русская фамилия на -ов, образованная напрямую от имени. Мартынковский же несёт в себе указание на конкретную местность, а значит, предки могли быть мелкими землевладельцами или однодворцами на западе Российской империи, в зоне культурного пограничья. Встречается фамилия и в польском варианте — Martynkowski, где «ы» заменяется на «y», но смысл остаётся тем же.

Есть и более редкая версия, связывающая основу с прозвищем Мартынка — так в некоторых говорах называли человека рассеянного или нерасторопного (от «мартын» — болван, простак, по Далю). Однако для фамилии с -ский это менее вероятно: прозвищные фамилии такого типа обычно заканчиваются на -ов или -ин, а не на -ский, если только прозвище не закрепилось за целым селом. Поэтому основная версия — топонимическая, и она же самая правдоподобная.